ผมเห็นด้วยกับการเดินทางระหว่างจังหวัดโดยรถไฟชิงกังเซ็นครับ เพราะว่าสบายกว่าเครื่องบินเยอะ ยิ่งถ้ามีเด็กเล็กๆ ยอมจ่ายหน่อยนั่งเป็นแบบ Green Car ที่นั่งจะกว้างกว่าแล้วก็คนไม่พลุกพล่าน
ส่วนที่เที่ยวตอนอยู่ที่โตเกียวที่ผมอยากแนะนำก็มี asakusa temple, Disneyland/sea, Yokohama sea paradise (เป็น aqua museum), roppongi hills, ginza, ameyoko market (near ueno station)
ถ้าต้องใช้ taxi ล่ะก็ ผมแนะนำว่า จดที่อยู่ของที่ๆจะไปเผื่อไว้ก็ดีครับ เพราะส่วนใหญ่แท็กซี่ไม่พูดภาษาอังกฤษอยู่แล้ว กรณีที่เค้าไม่รู้เรื่องยื่นที่อยู่ให้เค้าเลยครับ เพราะเกือบทุกคันมี car navigator
แต่ถ้าสนใจพวก bus tour มีไปเช้าเย็นกลับ ผมแนะนำ Hato Bus ครับ เคยพาครอบครัวไปประทับใจดีครับ เสียแต่ว่าส่วนใหญ่ไกด์พูดญี่ปุ่น แต่ก็พอมีบ้างที่เป็นภาษาอังกฤษ
ส่วนพี่มุขครับ ตั๋ว JR แบบใช้เท่าไหร่ก็ได้ ผมไม่แน่ใจเหมือนกันว่าซื้อที่ไหน แต่ต้องซื้อจากไทยเท่านั้น (ผมได้ยินมาน่ะครับ) เฉพาะนักท่องเที่ยวอย่างเดียวครับ เห็นเพื่อนผมที่มาเที่ยวชอบใช้
Kyoto is about 15 minutes from Osaka by Shin-kansen. it might be good to stay around "Shin-Osaka" station, and table train to Kyoto. I did that with my friends when they were travelling here.
As for children, if not too small, cycling around Kyoto is a good fun. The rental cycling shop is about 200 metres from Kyoto station.
Nara ( first Capital of Japan ) is not far from Osaka, a good place as well.
If kids are too small, Universal studio and big aquarium in Osaka might match more for them.